北京市二十一世紀國際學校初中部現有18個教學班，學生495人，教師52人。其中高級職稱教師占49%，自2010年與北京十一學校聯合辦學以來教師隊伍質量明顯提高，2012屆中考成績在海淀區排名第21位（其中化學第15名，英語第16名），創二十一世紀歷史之最，體現了初中部“創新教育理念，提高教學質量，建設學部特色”辦學成果。

初中部教學設備先進，教學設施齊全。有專用的音樂教室、美術教室、舞蹈教室、傳媒教室、微機教室、生物教室、物理實驗室、化學實驗室、演播室。學校有廣播電視中心，每周都有學生主持主編的校園新聞播報。

初中部管理方面做到領導管理育人，老師教書育人，職工服務育人。半軍事化、規范化、科學化的管理，為學生的身心健康提供了可靠的保障；學生住宿3—4人一個房間，條件優裕；食堂實行營養配餐，每周的食譜都在校園網上登錄，學生和學生家長可以查閱，隨時可提出意見。

初中部根據學生來源特點，特別重視年級組管理。年級組長都是教學管理經驗豐富的優秀教師擔任，根據年級特點安排不同的主題活動。初一年級的“邁好中學第一步”系列活動，讓初一新生一入學就很快融入到嶄新的初中生活；初二年級主題活動為“邁好青春第一步”， 增加了學生的社會責任感；初三年級的主題活動為“奮力拼搏，決勝中考“，引導學生以良好的心態和斗志，昂揚的精神面貌，迎接挑戰，沖刺中考，鑄造輝煌。

小班化教學也是初中部教學特色之一，課堂特點是“我的課堂，我做主”，學生是課堂的主體。

學部每學期都安排各種各樣的校內外活動，豐富了學生的校園生活，提高了學生的綜合能力。例如校內的英語角活動、圣誕歌會、詩歌朗誦、社團活動、英語夏令營、拓展活動以及一年一次的運動會。校外活動有每年寒暑假的出國交流學習活動，幾年來，初中部有176名學生出國學習取得“英語合格”的資格證書。